新皇岗口岸定于2026年10月12日上午6时30分正式开通运行，为旅客和客运车辆提供24小时通关服务，同时暂停往来深圳皇岗口岸临时旅检楼和香港落马洲管制站的旅检服务。
目前，皇岗口岸新联检大楼已通过验收，深港双方已完成一系列系统测试、试运行及应急演练，确认皇岗口岸已具备开通条件。预计口岸初期可以处理高峰日通关量20万人次，未来可以提升至30万人次。口岸开通初期，预计每日迎来至少10万人次出入境。
重建后的皇岗口岸采用“合作查验、一次放行”通关模式，旅客使用“合作查验”自助通道时，只需排队一次及出示一次证件，便可完成港深两地出入境手续。口岸整体共设置134条“合作查验”自助通道和68个传统人工柜台，使用自助通道办理出入境手续时间仅需约20秒。